学术活动

Andrew E.Teschendorff研究员受邀举办学术讲座


发布者: 郑敏   发布时间:2021-04-23 17:07:15   最后更新:2021-04-23 17:08:57

416日,中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所Andrew E.Teschendorff研究员受疾病系统遗传研究院邀请,到疾病分子网络前沿科学中心做题为《Episcore: a general method for cell-type deconvolution of bulk DNA methylomes》的讲座。 

Andrew E.Teschendorff2000年博士毕业于剑桥大学理论粒子物理专业,曾任英国伦敦大学学院癌症研究所统计癌症基因组学教授,英国皇家学会牛顿高级研究员。其研究方向为统计生物信息学,主要关注癌症表观基因组学和癌症系统生物学的统计学分析。研究目的是应用创新的计算学方法帮助理解肿瘤形成并开发新的癌症风险预测和早期诊断工具。

讲座中,Andrew主要介绍了其研发的Episcore算法。Episcore是指根据单细胞RNA-Seq数据对大块组织DNA甲基化组进行细胞类型反卷积。研究背景是基于细胞类型异质性对表观基因组数据的解释提出了挑战,而为大量细胞和样品生成可靠的单细胞DNA甲基化组的困难则更加复杂。在此背景下,Andrew提出了Episcore,这是一种计算算法,可以对任何实体组织以单细胞类型的分辨率对大块组织DNA甲基化数据进行虚拟显微切割。Andrew详细介绍了Episcore的计算原理,即将基因调控的概率表观遗传模型应用于单细胞RNA-seq组织图谱,以生成组织特异性DNA甲基化参考基质,从而可以定量分析大量组织数据中的细胞类型比例和细胞类型特异性差异甲基化信号,并且Andrew及其团队在多种表观基因组研究和组织类型中均验证了Episcore这一算法。

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