自然科学基金
| 1. | 973计划 | 微小RNA在若干重要器官发育中的网络调控机理及其功能，2007CB947002，参加 |
| 2. | 973计划 | 组织干细胞的干性维持、分化控制和免疫调节研究，2010CB945600 |
| 3. | 国家自然科学基金面上项目 | 疾病相关氨基酸变异与生物功能关系的模型建立、软件开发与高通量计算分析，20872107 （化学学部） |
| 4. | 国家自然科学基金主任基金 | 整合分析组学数据、寻找前列腺癌相关的microRNA调控模块，31040020 |
| 5. | 国家自然科学基金重大培育 | IL－1 a 在肝脏慢性炎症及肿瘤发生过程中的作用及其对机体免疫应答的影响（“非可控性炎症恶性转化的调控网络及其分子机制”重大研究计划培育项目），91029703 |
| 6. | 高等学校博士学科点专项科研基金 | 白血病相关生物网络模块和反应通路的数据库构建与功能分析，20113201110015 |
| 7. | 苏州国际科技合作计划 | 系统生物学模式的新型肝癌智能诊疗技术，SH201120 |
| 8. | 国家自然科学基金面上项目 | 前列腺癌相关生物模块和通路的数据库构建及其功能分析，31170795 |
| 9. | 国家自然科学基金重大培育 | 前列腺癌诊断、分级和预后相关的生物分子网络的构建和数学模拟，91230117 |
| 10. | 科技部863计划 | 医疗信息集成融合技术与系统开发，2012AA02A601 |
| 11. | 国家自然科学基金面上项目 | 基于网络分析寻找前列腺癌相关microRNA生物标志物，31470821 |
| 12. | 国家自然科学基金重大研究计划集成项目 | 基于动态网络的复杂疾病分析理论和方法，91530320 |
| 13. | 国家自然科学基金面上项目 | 前列腺癌演变过程中的关键基因和模块及其作用机制，31670851 |
| 14. | 科技部重大慢性非传染性疾病防控研究 | 帕金森病生物数据整合和分析，2106YFC1306605 《帕金森病早期诊断生物标记及综合诊断指标体系研发》子课题 |
| 15. | 四川省科技厅重点项目 | 川桂合作：分级诊疗的智能导诊系统和模式 |
| 16. | 国家自然科学基金面上项目 | 癌症寡转移标志物发现的信息学模型及其应用，32070671 |
| 17. | 国家自然科学基金面上项目 | 激素敏感癌症的演化标志物发现：知识引导的生物信息学模型，32270690 |