第11章

章节实例：第11章 深度测序的数据可视化软件


Savant安装

1.下载

Savant全称为“Sequence Annotation Visualization and Analysis Tool”，下载地址：http://compbio.cs.toronto.
edu/savant，版本为1.42。

2.运行环境

Windows XP，Vista，7

Mac OS X

Linux

Zip（运行“java -jar Savant.jar”）

3.其它要求

安装JRE 1.6或更高（下载地址：http://www.java.com/en/download/manual.jsp）。这里，我们主要基于Windows平台，其它平台软件的操作类似。


Savant运行实例

1. 从UCSC基因组浏览器下载示例数据

首先登录UCSC的网站：http://genome.ucsc.edu/，点击Table Browser，如图设置参数（以bed数据格式为例），点击get output按钮；

图11-1 Table Browser下载数据

接着出现如下界面，设置BED文件的相关参数，点击get BED按钮进行下载：

图11-2 BED文件参数设置

2. 转换文件格式

Savant支持一些文件格式。这些文件被指定格式转换在用于确定数据检索速度之前。为了去学习如何直接的输出Savant格式文件。打开软件Savant，初始界面：点击File->Format File，得到Format对话框，选择需要导入的文件格式，BED格式和输出文件，点击Format按钮进行文件的格式转换：

图11-3 用Savant进行格式转换

3. 指定一个基因组

点击File->Load Genome后，点击File按钮，从一个文件中指定基因组，这里载入Fasta数据，载入基因组后界面：

图11-4 载入指定基因组

4. 导航控制

首先载入一个基因轨迹文件。一个轨迹是一个单独的数据集。

轨迹载入预备知识：

1）文件在Savant中使用前必须转换格式。如果不知道你的文件是不是转换好的，可以试着载入，如果还没有转换，Savant会提醒转换格式。

2）选择1：从文件载入一个基因组序列—一个转换好格式的序列文件通过点击基因组或文件按钮已被载入。这个选择载入基因组序列作为轨迹。

选择2：指定没有提供序列的基因组—一个没有序列的基因组被指定通过点击基因组按钮载入轨迹文件human.
hg18.genes.bed.savant。

导航涉及到改变通过浏览器看到的基因组的区域。用户可以通过与用户交互（特别的，导航的工具栏在界面的最上方）或通过使用键盘鼠标的快捷键来导航，如图11-5所示。

图11-5 导航

5. 变换可视化模式

图11-6 可视化模式。A.标准模式，B. Variants模式，C. MATE_PAIRS模式

每次用户要求改变范围Savant便检索和呈现数据。同时，这些过程几乎同时发生，从而在基因组实现无缝导航。每一个轨迹呈现是适应于显示模式和用户选择可视区域的长度。

特别的数据类型能够在不同的模式下显示。例如，间隔注释能够压在一起在一个单独的行上或打包熟练的没有重叠。通过点击Display Mode来选择希望的模型。

每一个模型意味着强调数据不同的方面。变异和串模型是针对短序列比对的，例如，用颜色去强调在短序列片段上的不匹配和串模型去哪些短序列片段映射到。一个新的模型代表对于展现matepairs展现被映射成对短序列片段的之间的位置，每一个弧度的高度和提及的插入尺寸是成比例的。反常的映射对的弧度，例如其它的染色体倒置或副本，被不同颜色标记。

6. 停靠模块

Savant的特征是有一个可停靠框架，它允许用户按自己的喜欢重排模块。这些模块包含轨迹和内建的条目和插件。没有轨迹的模块被放在用户界面的边缘不在轨迹之间。相同的，轨迹模块不在其它模块之间。

通常，内部模块是隐藏的。隐藏模块以短小突出定位出现在用户界面。模块显示当鼠标移到突出部分。当鼠标离开时显示模块将会隐藏，中心将移到其它用户界面的组件。使模块总是显示，它可以被置顶。模块可以调整大小。点击一个边缘并拖拽以调整。模块在界面中几乎可以安排到任何外型。去移动一个模块，点击它的标题栏并拖拽它到你想要的新位置。当拖拽的时候，一个灰色的轮廓将出现显示模块将要占据的位置。轨迹模块能被放置在轨迹空间的顶部或底部，当其它模块停靠的用户界面的边缘。

图11-7 模块

一个模块可以被最大化去占据整个屏幕或用户界面，去使交互或可视化更容易，并且可以从其它模块中恢复原始尺寸去恢复到一个中心的视图。去最大化，点击嵌入的像一个方形的图标。去恢复，点击嵌入的像两个重叠的正方形的图标。 也可以通过点击右键，选择Maximize实现最大化。

一个模块可以从用户界面拆分到一个在屏幕上独立的位置。这有一个特别的用途，例如，分析模块能够被移动到一个显示和在轨迹保持在另一个。去拆分模块，点击嵌入的像正方形的图标。被拆分的模块能接着被移到另一个位置通过点击和拖拽它的标题栏。让它重新变到原来的用户界面，点击嵌入的像一个正方形的里面有一个L型的按钮就可以了。也可以通过点击鼠标右键，选择float完成窗口的分离。

7. 书签

书签模块可以帮助去记录感兴趣的区域或去做些注释。在任何时候，用户可以添加，移除，或寻找一个书签标记过的区域通过使用在模块内的按钮或键盘快捷键。

图11-8 书签

一个书签能够通过点击嵌入在书签模块的按钮进行添加。当前的范围将会被用作书签，书签的起始和结束坐标可以通过双击和改变它们进行调节。还可以进行书签的添加、注释、保存、载入等操作，如图11-8所示。

8. 表视图

表视图模块以表格形式展现在当前范围的数据。这个模块以列显示记录，以行显示字段在一个数据电子表中。数据自动的更新当一个范围改变，除非更新检查框不检查了。表视图模块，显示从一个短序列片段比对的轨迹得到的数据。

图11-9 表视图模块

表视图在同一时间只显示从一个单独轨迹得到的数据。可以在下拉菜单选择轨迹，选定一个轨迹之后的界面：

图11-10 轨迹和对应表视图

其中Auto Update勾选框表示是否自动更新选择，在表视图的整个数据可以通过字段抬头排序。在表视图的数据能够通过点击嵌入在模块内导出按钮被导出。结果文件是一个以把信息以信息制表符分隔保存到输出文件。点击Export导出文件,点击保存，文件以文本的形式保存。

9. 轨迹锁定

单独的轨迹能够锁定到一个特定的范围，所以他们不会被更新直到它们解锁。锁定的轨迹能够用于概述简介从一些选定的子区域去指定其它轨迹的范围变化。去锁定一个轨迹，在轨迹模块点击settings—>lock track并且检查锁定选项。当一个轨迹被锁定，用户可以从将成为其它新的范围中轨迹中选择一个子范围，解锁。

图11-11 轨迹锁定