第2章

章节实例：第2章 深度测序相关数据库和数据格式


NGSFormatConverter的安装与应用

(一) 软件安装

请点击下载该软件：NGSFC-1.0.zip。使用软件需要首先安装JRE1.6或以上版本。装好JRE后，在Windows下可直接双击jar文件运行；在Linux下输入以下命令运行：

java -jar NGSFormatConverter.jar

(二) 数据格式的转换

1）点击Add或AddAll按钮添加欲处理的文件，见图2-1；

2）点击Input Format下拉框，选择相应输入文件的格式；

3）点击Output Format下拉框，选择欲转换的输出格式；

4）点击Output下的Browse按钮，选择输出文件夹；

5）若有参数设置，设置相应的参数点击Start按钮，等待程序完成；

6）点击Start开始转换格式，等待程序运行结束。

图2-1 数据格式的转换(Yu et al., 2017)

(三) 数据库的检索

1）点击Tools菜单，选择Databases，弹出数据库窗口，见图2-2；

2）选择需要检索的数据库，若要添加其他数据库，点击Edit；

3）输入关键词，点击Search。

图2-2 数据库检索

参考文献

Yu, C., et al. 2017. NGS-FC: A Next-Generation Sequencing Data Format Converter. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics.