第4章

章节实例：第4章 基因组序列比对


第二代测序片段比对软件Maq

Maq的下载地址为：http://maq.sourceforge.net/。该软件运行性能较高，比对结果精确，是一款著名的短序列片段比对软件。

首先，为了降低硬盘使用量，Maq将参考基因组序列转变转化为二进制的fasta格式（BFA），将短序列片段转化为二进制的fastq格式（BFQ）。具体步骤如下：

1）进入安装Maq的根目录，这里的安装路径为：~/C/First/Maq/maq-0.7.1。

2）将参考基因组FASTA文件转化为二进制FASTA文件，命令如下：

$ ./maq fasta2bfa ~/datalist/genome/E.coli/E.coli_genome.fa E.coli.bfa

其中，“./maq fasta2bfa”命令的作用是将参考基因组FASTA文件转化为二进制FASTA文件。具体格式如下：

./maq fasta2bfa 参考基因组FASTA文件地址 生成的二进制FASTA文件地址

3）将短序列片段转化为二进制的fastq格式（BFQ），命令如下：

$./maq fastq2bfq ~/datalist/SRR023978.fastq SRR023978.bfq

其中，“./maq fastq2bfq”命令的作用是将短序列片段FASTQ文件转化为二进制FASTQ文件。具体格式如下：

./maq fasta2bfq 短序列片段FASTQ文件地址 生成的二进制FASTQ文件地址

4）将短序列片段定位到参考基因组上，命令如下：

./maq map align.map E.coli.bfa SRR023978.bfq

其中，“./maq map”命令的作用是将短序列片段定位到参考基因组上。具体格式如下：

./maq map 比对结果文件地址 参考基因组二进制FASTA文件地址 短序列片段二进制文件地址

5）结果可视化。使用如下命令查看Maq的比对结果：

./maq mapview